CLC Genomics Workbench. Unduhan gratis, unduhan CLC Genomics Workbench. pada unduhan perangkat lunak

Memungkinkan Anda menganalisis dan memvisualisasikan data sekuensasi generasi berikutnya. CLC Genomics Workbench Solusi baru kami untuk menganalisis dan memvisualisasikan data sekuensasi generasi berikutnya. CLC Genomics Workbench menggabungkan teknologi dan algoritma mutakhir, sementara juga mendukung dan mengintegrasikan dengan sisa Workflow.Clow Genomics yang khas RAM pada mesin menjalankan perangkat lunak. Workbench CLC Genomics juga dapat mendukung deteksi SNP, perakitan de novo dan sejumlah besar analisis hilir. Berikut adalah beberapa fitur utama "CLC Genomics Workbench": · De Novo Majelis Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos, dan Data Solid. · Referensi perakitan Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos, dan Solid Sequencing Data. · Referensi perakitan dataset campuran (mis. 454 dan Illumina Genome Analyzer). · Referensi perakitan genom dengan ukuran berapa pun. · Majulah data baca standar dan dukungan untuk perakitan ujung berpasangan membaca / pasangan bertuliskan dari setiap teknologi sekuensing. · Alat grafis canggih untuk deteksi mutasi skala besar dan penataan ulang. · Pembacaan tunggal - cakupan dan konflik. · Paired-Ujung Bacaan - Tinjauan Grafis. · Paired-Ujung Reads - insersi dan penghapusan. · Paired-ujung membaca - duplikasi dan inversi. · Dukungan untuk sekuensing multipleks dengan nama file. · Dukungan untuk sekuensing multipleks dengan tag spesifik sampel. · Masking perakitan referensi berdasarkan anotasi seperti mis. exon. · Integrasi dengan solusi komputasi kinerja tinggi CLC Bio, membuat rakitan sangat cepat. · Melihat rakitan genom interaktif dan zoom-kemampuan, termasuk urutan membaca, data berkualitas, dan urutan referensi. Integrasi penuh pemirsa dengan analisis hilir. · Pelaporan dan statistik kualitas pada data mentah. · Wisaya ini digunakan untuk menangani data urutan yang ditandai secara paralel. Penggunaan sampel yang ditandai dapat secara dramatis meningkatkan throughput sequencer generasi berikutnya . Analisis sampel data campuran ini dilakukan oleh meja kerja genomik. · Matthias Meyer, Udo Stenzel dan Michael Hofreiter, "Sequencing Paralel Tagged pada platform 454", Protokol Nature 3, - 267 - 278 (2008) · Wisaya ini digunakan untuk menangani data urutan yang ditandai secara paralel. · Menyaring dan memotong baca. · Deteksi SNP canggih. · Pelaporan SNP. · Dukungan untuk integrasi dengan basis data CLC bioinformatika. Persyaratan: · Dibutuhkan 256 MB RAM. · RAM 2 GB direkomendasikan. · Tampilan 1024 x 768 direkomendasikan. · Menonton 3D memerlukan driver grafis 3D OpenGL (disertakan dengan hampir semua kartu grafis). · Perakitan dan analisis genom hingga 10 mega-pangkalan: diperlukan RAM 2 GB; RAM 4 GB direkomendasikan. · Majelis dan analisis genom yang lebih besar: RAM 2 GB diperlukan; RAM 8 GB direkomendasikan. · 64 bit komputer dan sistem operasi direkomendasikan untuk lebih dari 2 GB RAM. Keterbatasan: · Periode uji coba 30 hari. Apa yang baru dalam rilis ini: · Global alignment untuk waktu lama berbunyi saat menjalankan algoritma perakitan referensi · Penyelarasan ruang warna yang tergelincir saat menjalankan perakitan referensi · Kecepatan yang ditingkatkan secara signifikan dari semua operasi dengan set data besar Analisis RNA-SEQ: · Optimalisasi Kinerja: Run dari 44 Mio berbunyi melawan genom mouse sekarang membutuhkan 32 menit pada komputer delapan inti dengan RAM 32GB. Ini dulu lebih dari dua jam. Dengan versi sebelumnya, banyak file sementara kecil dibuat dan dihapus, dan ini membutuhkan waktu yang lama dan berdampak pada responsial umum komupat. Sebagai perbandingan, hanya sebagian kecil dari file sementara yang dibuat dengan versi baru. · Opsi baru untuk menentukan batas minimum yang diperlukan dari pembacaan yang mencakup persimpangan exon-exon. Baca lebih lajut... · Laporan RNA-SEQ baru yang memberikan ikhtisar statistik dari proses perakitan. Baca lebih lajut... · Tabel hasil sekarang melaporkan jumlah exon-exon-dan intron-exon bentang balik persimpangan. · Tabel hasil sekarang melaporkan lokasi kromosom gen. Baca lebih lajut... · Visualisasi membaca yang menjangkau Junction Exon-Exon. Baca lebih lajut... · Baca pemetaan yang sama baiknya dengan intron-exon dan batas-batas exon-exon sekarang diidentifikasi sebagai spanning exon-exon unik berbunyi. · RPKM lebih baik didefinisikan dalam panduan pengguna. Baca lebih lajut... · Pengaturan default untuk multi-hit sekarang 10 seperti dalam makalah mortazavi Baca Selengkapnya ... · Pembacaan yang sangat singkat sekarang dirakit memungkinkan lebih banyak ketidakcocokan. Analisis Ekspresi: · Plot Volcano: Sekarang Anda dapat memilih nilai-nilai untuk merencanakan sumbu x. Pilih antara "Perbedaan" dan "Perubahan Lipat". Baca lebih lajut... · Tampilan tabel dari plot bar menunjukkan interval yang sama seperti yang ditunjukkan pada plot bar. · Importir generik untuk data array ekspresi dalam format tabular. Baca lebih lajut... · Importir generik untuk eksperimen ekspresi data anotasi dalam format tabular. Baca lebih lajut... · File Gene Ontology (GO) sekarang dapat digunakan untuk membatalkan anotasi eksperimen ekspresi. Baca lebih lajut... · Tandai Profil: Anda tidak lagi diizinkan untuk membatalkan anotasi sampel tag, hanya eksperimen · Panel sisi tabel eksperimen telah diselenggarakan kembali untuk memberikan ikhtisar yang lebih baik. Baca lebih lajut... Impor data sekuensing throughput tinggi: · Alat impor dipindahkan dari Toolbox ke menu file dan bilah alat. Baca lebih lajut.. · Impor dan ekspor format penyelarasan SAM. Baca lebih lajut... · Impor data penyelarasan dalam format yang dibatasi tab, termasuk format penyelarasan eland. Baca lebih lajut... · Impor format file Illumina QSEQ. Baca lebih lajut... · Linker dalam 454 data juga ditemukan untuk pertandingan non-sempurna Baca Selengkapnya ... Peningkatan visualisasi contigs: · Nukleotida yang tidak selaras di bagian dalam bacaan paired-end sekarang ditampilkan · Pembacaan paired-end memiliki satu baris yang menghubungkan pasangan daripada celah · Tarik pegangan untuk memindahkan batas yang selaras / tidak selaras hanya ditampilkan ketika Anda dapat melihat pangkalan baca. Ini berarti bahwa Anda perlu memperbesar 100% atau lebih dan kadar kekompakan yang dipilih "tidak kompak" atau "rendah". Kalau tidak, gagang untuk menyeret tidak tersedia (ini dilakukan untuk membuat ikhtisar visual lebih sederhana). Baca lebih lajut.... · Dimungkinkan untuk menampilkan pasangan yang tumpang tindih · Bacaan yang tidak dirakit dari perakitan sekarang mempertahankan status berpasangan mereka (ini juga berarti bahwa Anda bisa mendapatkan dua daftar - satu dengan pasangan dan satu dengan sisa pasangan yang rusak · Tabel keluaran deteksi SNP sekarang melaporkan jika beberapa SNP non-sinonim ada di kodon yang sama · Dialog Deteksi SNP: Penyaringan kualitas tidak lagi dinonaktifkan saat skor kualitas hilang. Karena masalah kinerja, tidak mungkin untuk memeriksa apakah skor kualitas hadir. Deteksi SNP hanya akan menghilangkan pemfilteran skor kualitas jika skor kualitas tidak ada. · Deteksi SNP: mungkin untuk mendeteksi varian dengan frekuensi kurang dari 1 persen. · Laporan ContiG sekarang mencakup informasi tentang cakupan untuk wilayah yang dilindungi dan seluruh referensi. Baca lebih lajut... · Membuka urutan konsensus termasuk kesenjangan juga akan menempatkan NS sebelum urutan konsensus dimulai dan setelah berakhir · Fungsi trim sekarang termasuk opsi untuk memangkas jumlah nukleotida yang telah ditentukan dari kedua ujung baca. Baca lebih lajut... · Gateway Cloning. Dukungan sederhana dan mudah digunakan untuk membuat entri gateway dan klon ekspresi. Baca lebih lajut... · Cari korek api di antara semua primer Anda yang disimpan. Alat Situs Binding Find telah sangat ditingkatkan untuk sekarang memungkinkan Anda untuk mencari di antara semua primer Anda. Selain itu, Anda juga mendapatkan output tabular dari situs yang mengikat dan kemungkinan fragmen. Baca lebih lajut... · Dalam Silico PCR: Buat produk PCR berdasarkan pair primer dan urutan template (termasuk ekstensi primer). Sebagai bagian dari penemuan menemukan situs penjilid dan membuat alat fragmen, Anda dapat mengekstrak produk PCR dari daftar fragmen melalui menu klik kanan. Baca lebih lajut... · Periksa spesifisitas primer. Sebagai bagian dari penemuan menemukan situs pengikatan dan membuat alat fragmen, Anda dapat mencari dengan pasangan primer dalam daftar urutan target potensial dan melihat tabel ikhtisar situs yang mengikat dan ketidakcocokan serta potensi fragmen PCR. Baca lebih lajut... Penyebaran: · Anda dapat mengatur jalur ke lokasi data default yang digunakan ketika meja kerja dimulai untuk pertama kalinya. Ini adalah fitur untuk membantu mengontrol administrator sistem di mana instalasi baru per default menyimpan data mereka. Baca lebih lajut... · Dukungan untuk menghapus alat Mengakses Internet (NCBI BLAST, pemberitahuan pembaruan, dll). Baca lebih lajut... Impor dan Ekspor Umum: · Dukungan untuk impor wilayah kompleks dari file GFF · Ekspor tabel dan laporan dalam format Excel. · Bagian Impor Manual Pengguna Terstruktur kembali untuk memberikan ikhtisar yang lebih baik. Baca lebih lanjut .... Importir data ekspresi sekarang dijelaskan dalam detail teknis dalam bagian terpisah Baca lebih lanjut .... · Sekarang Anda dapat mengekspor beberapa daftar urutan dalam format FASTA · Impor paksa file zip sekarang didukung (akan memaksa mengimpor konten file zip) · Impor standar sekarang menerima file gzip dan tar serta zip · Jika impor paksa gagal, akan ada lebih banyak informasi teknis tentang apa yang salah, memungkinkan Anda untuk mengidentifikasi format yang buruk dari file impor · Baik Importir Genbank dan GFF sekarang membuat beberapa upaya penamaan gen yang tidak memiliki nama gen. Ini akan secara iteratif mencoba kualifikasi berikut: "Produk", "locus_tag", "protein_id" dan "transcript_id" · Saat mengimpor file Genbank di mana panjang yang dinyatakan tidak sesuai dengan urutan aktual, peringatan ditampilkan tetapi urutan diterima. · Saat mengekspor dalam format CSV, pengaturan lokal digunakan untuk menentukan apakah koma atau semi-titik dua harus digunakan sebagai pembatas (koma yang digunakan untuk lokal AS) · Plug-in GFF telah diperbarui untuk menerima anotasi yang kompleks Aneka ragam: · Pengambilan ulang anotasi yang maju menggunakan tabel anotasi. Baca lebih lajut... · Peningkatan pelaporan situasi ketika disk penuh mencegah penghematan data · Urutan pengunduhan menggunakan drag and drop dari tabel pencarian tidak lagi membuat simpul "mengunduh ..." di folder. Proses unduhan dapat dipantau dalam tab Proses. · Desain primer sekarang mendukung fragmen PCR lebih dari 5000 bp. · Urutan ekstrak dipindahkan dari File Manu ke Toolbox-> Analisis Umum Umum. Baca lebih lajut... · Umpan balik kemajuan yang lebih baik pada berbagai dialog Perbaikan kerusakan: · Masalah dengan urutan gen saat menyiapkan eksperimen RNA-SEQ. Jika urutan urutan input tidak sama untuk semua sampel, percobaan akan salah. · Memperbaiki orientasi salah data pasangan solid · Memperbaiki masalah dengan penamaan tab. Perbaikan berarti bahwa pada Windows dan Linux data yang belum disimpan sekarang mendapat * daripada membuat nama tab tebal dan miring. (Ini selalu menjadi perilaku pada Mac OS X). · Memperbaiki masalah menampilkan label "Menyalin ..." saat menyalin data dan kemudian memperbarui folder · Label menyesatkan ketika perakitan membaca lebih pendek dari 15 bp. Sekarang dikatakan bahwa pembacaan ini akan diabaikan dalam perakitan

CLC Genomics Workbench. Perangkat Lunak Terkait