Stepp: Teknik SVM untuk Mengevaluasi Peptida Proteotypic Aplikasi untuk mengevaluasi peptida proteotypic
Unduh sekarang

Stepp: Teknik SVM untuk Mengevaluasi Peptida Proteotypic Peringkat & Ringkasan

Stepp: Teknik SVM untuk Mengevaluasi Peptida Proteotypic Tag

evaluasi evaluasi Jelajahi peptida peptida. Kuantifikasi peptida berlabel ICPL Mengukur Peptida Maldi peptida Menghitung Peptida Proteotypic. Teknik SVM Evaluasi peptida Mengevaluasi Penggunaan Kodon mengevaluasi

Stepp: Teknik SVM untuk Mengevaluasi Peptida Proteotypic Keterangan

Stepp adalah utilitas canggih yang dirancang untuk menghitung skor yang mewakili bagaimana "proteotypic" peptida adalah oleh LC-MS. Program ini dapat membaca file protein, melakukan pencernaan dalam silico, dan menghitung skor observability untuk setiap peptida tryptic atau sebagian tryptic. Perhatikan bahwa skor yang lebih besar (positif) berarti peptida diprediksi lebih proteotypic sedangkan skor (negatif) yang lebih rendah berarti peptida tidak diprediksi menjadi proteotip. Model SVM yang digunakan oleh stepp adalah ruang deskriptor sederhana berdasarkan 35 properti kadar asam amino, biaya, hidrofilisitas, dan polaritas untuk prediksi kuantitatif peptida proteotypik. Model ini dilatih dan divalidasi dengan tiga basis data AMT yang diturunkan secara independen (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). SVM menghasilkan ukuran akurasi rata-rata ~ 0,8 dengan standar deviasi kurang dari 0,025.

Stepp: Teknik SVM untuk Mengevaluasi Peptida Proteotypic Perangkat Lunak Terkait