Meja kerja RNA kecil UEA Suite alat untuk menganalisis data RNA kecil dari perangkat sekuensasi generasi berikutnya
Unduh sekarang

Meja kerja RNA kecil UEA Peringkat & Ringkasan

Meja kerja RNA kecil UEA Tag

Meja kerja RNA kecil UEA Keterangan

UEA Small RNA Workbench adalah aplikasi yang dikembangkan untuk membantu ahli biologi menganalisis data SRNA sampel tunggal atau multiple dari tanaman dan hewan. Anda dapat menggunakan aplikasi ini untuk mengidentifikasi landmark menarik (seperti deteksi urutan novel mikro RNA) atau tugas-tugas lain seperti profiling pola ekspresi RNA kecil dalam data genetik. Fitur utama: Remover Adaptor: Menghapus fragmen adaptor dari data urutan baca pendek mentah dan mengeluarkan data ke format fasta. Filter: menghasilkan versi dataset SRNA yang disaring, dikendalikan oleh beberapa kriteria yang ditentukan pengguna, termasuk panjang urutan, kelimpahan, kompleksitas, transfer, dan penghapusan RNA ribosom. mircat (kategorisasi mirna): Memprediksi mirnas dewasa dan prekursor mereka dari dataset SRNA dan genom. Siloco (Perbandingan Locus RNA Cendek): Membandingkan tingkat ekspresi SRNA dalam beberapa sampel dengan mengelompokkan SRNA ke lokasi berdasarkan lokasi genom. Ta-SIRNA (RNA interfering pendek trans-bertindak): Prediksi ta-sirnas bertahap dalam dataset SRNA tanaman. Mirprof (Mirna Profiler): Menentukan tingkat ekspresi yang dinormalisasi dari pencocokan Mirnas yang diketahui di Mirbase. Anotasi jepit rambut: menghasilkan struktur sekunder dari urutan RNA dan menyoroti wilayah yang menarik menggunakan rnaplot. VISSR (Visualisasi SRNAS): Menghasilkan representasi visual dari SRNA dan fitur genom yang diimpor pengguna. Paresnip: Identifikasi target Mirna dibuktikan melalui degradome

Meja kerja RNA kecil UEA Perangkat Lunak Terkait