Anc-Gene. inferensi urutan gen leluhur dengan metode Bayesian berbasis jarak
Unduh sekarang

Anc-Gene. Peringkat & Ringkasan

Anc-Gene. Tag

urutan Bayesian mesin inferensi gen Sistem Inferensi Fuzzy. urutan nukleotida. masalah inferensi inferensi variasi. Editor Jaringan Bayesian. Edit Bayesian Network. kesimpulan Alignment Bayesian. inferensi haplotipe inference Alat Bayesian Analisis. Implementasi Metode Bayesian. metode Bayesian Analisis Bayesian Analisis berbasis jarak inferensi filogeny. cluster gen leluhur. Gen leluhur inferensi filogeni besar. Analisis Bayesian MCMC. Sequence gen. inferensi statistik. Leluhur.

Anc-Gene. Keterangan

Aplikasi ANC-Gen dikembangkan menjadi alat baris perintah kecil untuk inferensi urutan nukleotida leluhur gen pengkodean protein dari serangkaian urutan masa kini yang hubungan filogenetiknya diketahui. Program pertama-tama menyimpulkan asam amino dengan metode Bayesian berbasis jarak, dan kemudian menyimpulkan urutan nukleotida yang mendasarinya dengan memperbaiki asam amino yang disimpulkan. Untuk menggunakan program ini, Anda memerlukan file input yang berisi urutan DNA dan topologi pohon dari urutan ini (lihat rnase.seq untuk contoh). File ini dimulai dengan dua angka: jumlah urutan dan jumlah nukleotida per urutan (panjang urutan). Baris kedua akan menjadi nama urutan pertama, dan baris ketiga akan menjadi urutan pertama, dan sebagainya. Hanya A, T, C, G, A, T, C, dan G diizinkan dalam urutan. Urutan harus diselaraskan dan celah atau simbol lain dihapus. Baris terakhir file adalah topologi pohon dari urutannya. Format pohon sama dengan yang digunakan dalam paket Phylip (Felsenstein 1995). Perhatikan bahwa pohon itu tidak dimotret, sehingga trifikasi daripada bifikasi diperlukan untuk simpul percabangan terdalam.

Anc-Gene. Perangkat Lunak Terkait