T-RFPRED. sekelompok skrip Perl yang akan membantu para peneliti untuk mengidentifikasi puncak protie dari sidik jari TRFLP menggunakan pustaka klon dari gen RRNA 16S yang diurutkan secara parsial
Unduh sekarang

T-RFPRED. Peringkat & Ringkasan

T-RFPRED. Tag

mengenali Pengidentifikasi Identifikasi Puncak Profil Pengidentifikasi Puncak Profil gunakan perpustakaan klon Puncak profil

T-RFPRED. Keterangan

Sekelompok skrip Perl yang akan membantu para peneliti untuk mengidentifikasi puncak profiie dari sidik jari TRFLP menggunakan pustaka klon dari gen 16S RRNA yang diurutkan secara parsial T-RFPRED, Prediksi Fragment Restrictions Terminal adalah sekelompok skrip Perl yang akan membantu para peneliti mengidentifikasi puncak profil sidik jari TRFLP menggunakan pustaka klon dari gen 16s RRNA yang sama dengan sampel yang sama. Dalam metode silico, mirip dengan ini, diperlukan untuk mengidentifikasi peaks fragmen pembatasan. Pada dasarnya metode ini memperkirakan ukuran sekuens klon Anda yang diharapkan untuk enzim pembatasan tertentu. T-RFPRED menggunakan versi Genbank yang selaras dari Proyek Basis Data Ribosom (RDP) yang akan diformat ulang untuk mempercepat proses. Gagasan di balik metode ini adalah bahwa dalam sebagian besar keadaan, seseorang hanya dapat memiliki urutan parsial di perpustakaan klon dan bukan seluruh gen 16S RRNA. Juga, primer yang digunakan terutama untuk T-RFLP biasanya sama dengan yang akan berurutan dan kemudian dengan metode memperkirakan panjang fragmen dengan menambah panjang oligonukleotida, estimasi panjang "Gap "Dan panjang urutan sampel dari awal urutan sampel hingga ukuran target pertama dari enzim restriksi. Panjang "celah", pangkalan yang hilang antara ujung oligonukleotida dan awal urutan sampel, diperkirakan berdasarkan sejumlah urutan yang paling erat terkait dengan urutan sampel dalam subset dari urutan proyek basis data ribosom Itu cukup lama untuk menjangkau oligonukleotida. Blastn lokal menemukan hit terbaik dan kemudian keberpihakan Smith-waterman dari urutan sampel dan hit terbaik memberikan persamaan persentase yang akurat. T-RFPRED memberikan taksonomi kerabat terdekat.

T-RFPRED. Perangkat Lunak Terkait