Phylosort. Solusi open source yang akan memungkinkan Anda untuk mengurutkan pohon filogenetik
Unduh sekarang

Phylosort. Peringkat & Ringkasan

Phylosort. Tag

membayangkan Saring menyortir penyortir filogenetik jenis pohon Filter filogenetik

Phylosort. Keterangan

Solusi open source yang akan memungkinkan Anda untuk mengurutkan pohon filogenetik Phylosort adalah alat Java Source Terbuka yang akan memungkinkan Anda untuk mengurutkan pohon filogenetik dengan mencari subtrees yang ditentukan pengguna yang berisi gugus bunga monofiletik yang ditentukan oleh unit taksonomi operasional (OTUS) .Fylosort menawarkan dua mode pencarian, termasuk (default) dan eksklusif (default) dan eksklusif : · Dalam mode eksklusif, taksa apa pun dari grup kueri yang ada di pohon, harus terletak di dalam clade monofiletik untuk memenuhi syarat clade itu dan mempertimbangkan pohon sebagai pohon pertandingan. · Dalam mode inklusif , pembatasan mode eksklusif santai sedemikian rupa sehingga clade monofiletik "kualifikasi" diterima terlepas dari apakah ada taksa tambahan dari taxa kueri yang terletak di tempat lain di pohon di luar clade. Berikut adalah beberapa fitur utama dari "Phylosort": · Mencari hubungan monofiletik di antara kelompok taksa. · Penyaringan dengan nilai dukungan bootstrap yang terkait dengan cangkul monofiletik. · Penyaringan dengan kompleksitas pohon (jumlah taksa di pohon). · Penyaringan dengan kompleksitas keluarga (jumlah gen per takson di pohon). · Clustering Trees (Genes) menjadi cluster pohon (keluarga gen). · Kelompokkan Otus menggunakan pohon referensi taksonomi. · Implementasi prosedur umum yang bersih dan dapat digunakan kembali untuk memanipulasi struktur data pohon seperti parsing baru, traversal pohon dan realisasi ulang. · Memvisualisasikan topologi pohon menggunakan penampil pohon (ATV).

Phylosort. Perangkat Lunak Terkait