Magpie. Proyek komprehensif berbasis Java yang mempelajari properti DNA dan urutan protein
Unduh sekarang

Magpie. Peringkat & Ringkasan

Magpie. Tag

protein. belajar DNA. urutan protein. Studi DNA. presentasi DNA

Magpie. Keterangan

Proyek komprehensif berbasis Java yang mempelajari properti DNA dan urutan protein Magpie atau lingkungan investigasi proyek genom otomatis multi-tujuan adalah bundel perangkat lunak untuk presentasi otomatis dari sekuens DNA dan protein. Informasi Magpie tentang kemungkinan pengkodean ORF ditampilkan sebagai seperangkat 6 atribut. Informasi ini disediakan dalam grafik contig dan di saluran informasi ORF pada halaman hijau. Tiga atribut pertama yang mencerminkan sifat-sifat kalkulable dari urutan, sedangkan PDM menggambarkan seberapa banyak bukti eksternal (melalui pencarian basis data) yang kami miliki tentang fungsi urutan. Semakin biru (level 1) di dalam kotak, semakin besar kemungkinan ORF benar-benar urutan pengkodean. · F: (Ya / Tidak) Apakah urutan coding potensial sesuai dengan profil penggunaan kodon organisme ini (menggunakan kepercayaan 99% kebaikan chi-square test) · A: (ya / tidak) adalah A + G% dari urutan > 50%, karakteristik urutan pengkodean dalam banyak organisme · C: (level 1, 2, 3 atau 4) Apa tingkat kompensasi G + C pada posisi kodon kedua dan ketiga? Sebagian besar organisme akan mengikuti pola pada konten G + C yang lebih tinggi dalam posisi 'Wallgle' ketiga. · P: (level 1,2 atau 3) menunjukkan tingkat bukti terbaik yang kita miliki yang terdiri dari pertandingan tingkat protein (misalnya terhadap genpept, atau mRNA tingkat protein / cdna hit. · D: (level 1, 2 atau 3) Menunjukkan tingkat bukti terbaik yang kita miliki yang terdiri dari pertandingan dengan urutan DNA pada tingkat perbandingan DNA (misalnya pencarian terhadap Genbank) · M: (level 1, 2 atau 3) menunjukkan tingkat bukti terbaik yang terdiri dari Cocok dengan keluarga protein (mis. PFAM) atau pola situs penjilidan yang diketahui (Prosite) persyaratan: · Java.

Magpie. Perangkat Lunak Terkait