Dawgpaws. Membantu Kelompok Kerja Anotasi Terdistribusi (DAWG) dalam Anotasi Urusan Contigs berukuran BAC
Unduh sekarang

Dawgpaws. Peringkat & Ringkasan

Dawgpaws. Tag

urutan membubuhi keterangan gen Anotasi gen. gen keterangan Anotasi urutan

Dawgpaws. Keterangan

Membantu Kelompok Kerja Anotasi Terdistribusi (DAWG) dalam Anotasi Urusan Contigs berukuran BAC Dawgpaws adalah serangkaian program baris perintah yang ditulis dalam Perl yang mempercepat anotasi gen dan elemen transposable dalam genom tanaman dengan mengotomatiskan proses menjalankan program anotasi dan memfasilitasi kurasi penjelasan bukti gabungan. Karena rangkaian perangkat lunak ini pada awalnya ditulis untuk mengancam gandum sampel secara acak BACS, disebut sebagai pipa untuk mengancam sekelompok gandum (cakar). Meskipun program-program ini pada awalnya dirancang untuk gandum, skrip juga dapat dengan mudah diterapkan pada hampir semua pipa annoasi urutan eukariotik. Skrip dalam suite ini dirancang untuk memfasilitasi generasi hasil komputasi tinggi untuk anotasi gen dan anotasi elemen transposable menggunakan a Jumlah program anotasi urutan yang ada. Hasil ini dikonversi dari output asli dari program anotasi individu ke format file gff standar. Karena file gff adalah tab sederhana file teks yang dihapus, beberapa hasil komputasi untuk urutan tunggal dapat dengan mudah digabungkan bersama menggunakan alat maninpulasi teks standar seperti kucing; Bukti bahwa kucing dan dawg dapat bermain dengan baik. Dawgpaws menyediakan alat tambahan untuk memfasilitasi penggunaan Alat Kurasi Anotasi Genom Apollo untuk visualisasi dan penyedap hasil komputasi. Berikut adalah beberapa fitur utama "Dawgpaws": · Manipulasi file fasta untuk menyiapkan urutan untuk pipa anotasi · Anotasi celah dalam rakitan urutan · Melaksanakan anotasi gen initio ab dan program anotasi elemen transposable dalam pipa throughput tinggi · Pipa ledakan cocok untuk digunakan dalam kerangka komputasi cluster · Konversi output dari perangkat lunak anotasi ke format file gff umum · Konversi file GFF ke format game.xml · Bantuan tersedia di semua program baris perintah menggunakan bendera baris perintah. Info bantuan dan file manual penuh masih dalam pengembangan untuk beberapa program · Halaman manual untuk masing-masing program tersedia di situs Web Dawgpaws dan termasuk dalam unduhan rilis-1.0 dari Suite Dawgpaws.

Dawgpaws. Perangkat Lunak Terkait