BINATANG BUAS Unduhan gratis, unduhan BINATANG BUAS pada unduhan perangkat lunak

Aplikasi lintas platform untuk analisis MCMC Bayesian dari urutan molekuler Beast (Bayesian evolusioner analisis sampling trees) adalah aplikasi sumber terbuka dan open source untuk inferensi evolusioner dari urutan molekuler .Beast adalah aplikasi lintas platform untuk analisis MCMC Bayesian dari urutan molekuler. Binatang benar-benar berorientasi pada filogeni yang di-rooting, diukur waktu yang disimpulkan menggunakan model jam molekuler yang ketat atau santai. Selama dapat digunakan sebagai metode merekonstruksi filogeni tetapi juga merupakan kerangka kerja untuk menguji hipotesis evolusioner tanpa pengkondisian pada topologi. Beast menggunakan MCMC ke rata-rata di atas ruang pohon, sehingga setiap pohon tertimbang secara proporsional dengan probabilitas posteriornya. Berikut adalah beberapa fitur utama "BEAST": · Model jam molekul tingkat konstan. · Ini adalah model default. Pohon dapat dikalibrasi dengan menentukan tingkat mutasi. · Model jam molekuler variabel (rileks). · Menerapkan model jam rileks yang tidak berkorelasi dari Drummond, Ho, Phillips dan Rambaut (2006, PLOS Biology) Lihat di bawah untuk kutipan penuh. · Perkiraan Tanggal Divergence. · Tanggal divergensi untuk leluhur umum terbaru (MRCA) dapat diperkirakan. · Urutan non-kontemporer (! Tipdate) model jam molekuler. · Ketika perbedaan dalam tanggal yang terkait dengan urutan terdiri dari proporsi yang signifikan dari usia seluruh pohon, tanggal-tanggal ini dapat dimasukkan ke dalam model yang menyediakan sumber informasi tentang laju substitusi. · Heterogenitas model substitusi di seluruh lokasi. · Model substitusi yang berbeda dapat ditentukan untuk berbagai set situs. Misalnya, setiap posisi kodon dapat diizinkan matriks substitusi dan model gamma heterogenitas gamma yang berbeda. · Spesifikasi Model Fleksibel. · Format file spesifikasi model memungkinkan fleksibilitas yang cukup besar. Misalnya, dimungkinkan untuk menentukan bahwa setiap posisi kodon memiliki tingkat yang berbeda, tingkat heterogenitas tingkat yang berbeda tetapi rasio transisi / transversi yang sama. · Berbagai model substitusi. · Beast (Bayesian Evolutioner Analysis Sampling Trees) adalah aplikasi sumber gratis dan terbuka untuk inferensi evolusi dari urutan molekuler. · Pilihan prior yang fleksibel pada parameter. · Parameter apa pun dapat diberikan sebelumnya. Misalnya, usia akar pohon dapat diberikan eksponensial sebelumnya dengan rata-rata yang diberikan. · Model malas ukuran dan pertumbuhan populasi. · Berbagai model pertumbuhan populasi pasokan dapat digunakan. Saat ini, ukuran konstan dan pertumbuhan eksponensial tersedia tetapi lebih akan ditambahkan segera. Model-model ini pada dasarnya bertindak sebagai prior pada usia node di pohon tetapi parameter (ukuran populasi dan tingkat pertumbuhan) dapat disampel dan diperkirakan. · Model malas multi-lokus. · Dua gen yang dilinklink dapat diberikan model populasi malas yang sama tetapi proses dan pohon substitusi yang berbeda, memungkinkan produksi inferensi malas multi-lokus. · Model jam molekul jam lokal. · Membiarkan pangkalan yang berbeda di pohon memiliki tingkat yang berbeda (atau memang, proses substitusi yang sama sekali berbeda). Apa yang baru dalam rilis ini: Fitur baru: · Versi GUI dari Beast Tampilkan kotak dialog untuk mengatur berbagai opsi yang hanya tersedia dengan baris perintah. Perbaikan kerusakan: · Edisi 55: Log layar MCMC saat ini tidak berfungsi. · MASALAH 70: Kecantikan dan partisi ke posisi kodon · Edisi 72: Beauti harus membatasi parameter model GTR keras · Edisi 122: Ctrl-A dalam Beauti -> Pengecualian · Edisi 127: beauti sebelumnya panel, sebelumnya atas dan bawah tidak ditampilkan · KETAKTERBATASAN · Edisi 128: Beauti: Pohon pertumbuhan logistik sebelumnya tidak tersedia untuk · Kalibrasi · Edisi 146: Beauti: Model Kovarion Biner · Edisi 169: Mengedit Batang Nama File di Beauti Menyebabkan Penyisipan · Poin untuk melompat ke akhir · Edisi 173: Beauti: Pengecualian tautan sebagian · Edisi 181: Beauti: Perlu peningkatan untuk perilaku default saat menambahkan · Penyelarasan tambahan setelah membingungkan semua · Edisi 193: Diagnostik Konvergensi yang Ditingkatkan: Hitung Ukuran Efektif · Gabungan berjalan dengan menggabungkan sampel · Masalah 194: Beauti: Pengaturan Sebelum Pengecualian Saat Mengubah Nilai · Edisi 199: Tracer hanya menunjukkan entri file log pertama saat berlipat ganda · Entri memiliki nama yang sama · Edisi 201: Mengedit Nama File STEM di MCMC Panel Menyebabkan Titik Penyisipan · Untuk mengakhiri · MASALAH 202: BUILD SCRIPTS Memproduksi Kelas JDK 1.6 Jadi distribusi gagal · Pada mesin dengan JDK 1.5 · Edisi 203: bug launch4j mempengaruhi tautan nukleotidelikelihoodcore.dll · MASALAH 204: Beauti: Pohon Ukuran konstan sebelumnya tidak berfungsi untuk kalibrasi node · Edisi 205: Informasi Jittle menghilang di konsol menggunakan Windows · Paramter untuk menjalankan binatang · Edisi 209: dosis patogen tidak dikompilasi · Edisi 211: Beauti: Model Situs Asam Amino XML salah · Edisi 212: Versi Beast Linux: Butuh Chmod 755 * · Edisi 215: Alokasi memori default untuk kemasan MAC terlalu kecil · Edisi 216: Alokasi memori default untuk kemasan Linux terlalu kecil · Edisi 217: Masalah dengan kemasan Mac OS X · Edisi 218: Dialog Opsi BESTMAIN Memberi Kesalahan "Nilai Masuk Ilegal · Harus antara 1 dan 21474863647 " · Edisi 220: skrip shell untuk meluncurkan binatang buas di baris perintah tidak dapat mengatasinya · Dengan spasi di jalan. · Edisi 221: REGEight Operator Model Substitusi di Beauti · MASALAH 222: Penamaan 'treelikuts' ketika hanya 1 partisi · Edisi 223: Atur nama file 'Analisis Operator' sebagai atribut di · Elemen MCMC. · MASALAH 225: TreePartitionsOaling tidak ada · Edisi 226: Parsers di Rilis_Parsers.Properties perlu diperbarui · MASALAH 227: Perbaiki Beastdoc untuk menghasilkan tag doc untuk pengguna beast · Edisi 229: Kegagalan lain dari kerangka pengujian · MASALAH 231: Tunda awal pengukuran kinerja hingga setelahnya Evaluasi penuh. · MASALAH 232: MAC (Windows?) Versi Beast menutup konsol pada kesalahan · Edisi 234: Buat yang ditakuti "Posterior awal tidak ada kesalahan" · Lebih ramah untuk men-debug · MASALAH 236: Dr.Evomodel.Operators.traitgibbsoperator digandakan dengan · Parser dalam rilis_parser.properties atau beastparser.java · MASALAH 237: Beauti: Taxon Set Tidak Menangani Partisi Multi-Pohon · MASALAH 238: Penamaan 'pola' ketika hanya 1 partisi · Edisi 240: Beauti: useambiguity dari treelikuts harus default · Sesuai untuk kovarion binay · Edisi 242: Beauti: Buat kotak centang untuk memilih useambiguities di · Treelikutser untuk data biner · Edisi 244: URGENT: Default Tinjauan sebelumnya · Edisi 247: Beauti: Xml salah dalam frekuensi memilih biner empiris · Covarion Model. · Edisi 248: pengecualian beauti (* beast) saat menautkan taksa yang sama untuk a · Model pohon dengan memberikan taksa yang berbeda secara total · Edisi 250: Beauti: Blok Alignment yang salah untuk multi-gen saat memilih · "Buat keselarasan kosong" · Edisi 253: Beauti Tambahkan kotak pop-up untuk memeriksa prior default saat · Klik Generate Beast File · Edisi 254: Beauti menghasilkan tombol XML harus dinonaktifkan setelah semua data · Partisi dihapus · Edisi 255: Matikan peringatan parser secara default untuk versi yang dirilis · Edisi 256: Beauti: Tambahkan komentar di XML "Skyride.LogPopsize adalah unit log · Tidak seperti popsize lainnya " · Edisi 257: Beauti: data biner dan beberapa partisi tidak menghasilkan · Sitemodel dengan benar · Edisi 259: Beauti: Masalah Panel Mac OS MCMC · Edisi 260: Beauti: Bahasa Inggris yang Benar · Edisi 261: Elemen Parsing Kesalahan dengan ID NULL · Edisi 262: xml salah dari testcataclysmcoacescent.xml · Edisi 264: ImportException: Kesalahan Format Nomor untuk

BINATANG BUAS Perangkat Lunak Terkait