Asal platform paket alat-alat Java independen untuk secara simultan memvisualisasikan dan menganalisis seluruh serangkaian eksperimen ekspresi gen
Unduh sekarang

Asal Peringkat & Ringkasan

Asal Tag

membayangkan menganalisa gen memvisualisasikan gen. ekspresi gen menganalisis gen

Asal Keterangan

Sebuah platform paket alat-alat Java independen untuk secara simultan memvisualisasikan dan menganalisis seluruh serangkaian eksperimen ekspresi gen Analisis ekspresi gen throughput tinggi menjadi semakin penting di banyak bidang penelitian biomedis. CDNA Microarray Technology adalah salah satu pendekatan yang sangat menjanjikan untuk analisis throughput tinggi dan memberikan kesempatan untuk mempelajari pola ekspresi gen pada skala genom. Ribuan atau bahkan puluhan ribu gen dapat terlihat pada slide mikroskop dan tingkat ekspresi relatif dari setiap gen dapat ditentukan dengan mengukur intensitas fluoresensi mRNA berlabel hibridisasi pada array. Oleh karena itu, microarray dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen yang diekspresikan secara berbeda dalam dua sampel dalam skala besar. Di luar diskriminasi sederhana gen yang diekspresikan secara berbeda, anotasi fungsional (guilt-by-association) atau klasifikasi diagnostik memerlukan pengelompokan gen dari beberapa eksperimen ke dalam kelompok dengan pola ekspresi serupa. Beberapa teknik pengelompokan baru-baru ini dikembangkan dan diterapkan untuk menganalisis data microarray. Setelah membaca data dari file datar, Genesis memungkinkan Anda untuk menghasilkan beberapa representasi grafis hibridisasi, menunjukkan matriks eksperimen dan gen, di mana banyak percobaan dan gen dapat dengan mudah dibandingkan dengan Satu sama lain. Rasiofluorescence dapat dinormalisasi dalam beberapa cara untuk mendapatkan representasi terbaik dari data untuk analisis statistik lebih lanjut. Kami telah menerapkan algoritma hierarki dan non hierarkis untuk mengidentifikasi gen yang diungkapkan serupa dan pola ekspresi, termasuk: 1) Hierarchical Clustering 2) K-Means 3) Mempelola Sendiri Peta 4) Analisis Komponen Utama dan 5) Lebih dari 10 jenis Pengukuran jarak kesamaan telah diimplementasikan, mulai dari korelasi Pearson sederhana hingga pendekatan yang lebih canggih seperti informasi timbal balik. Selain itu, dimungkinkan untuk memetakan data ekspresi gen ke urutan kromosom. Fleksibilitas, berbagai alat analisis dan visualisasi data, serta ketersediaan gratis kepada komunitas penelitian membuat perangkat lunak ini merupakan alat yang berharga dalam studi genom fungsional di masa depan. Persyaratan: · Java. Keterbatasan: · 30 hari percobaan apa yang baru dalam rilis ini: · Perilaku tetap opsi warna tunggal / ganda · Koefisien opsi filter variasi ditambahkan · Masalah dengan menampilkan Pekerjaan Server Genesis diperbaiki · Banyak perbaikan bug dan peningkatan dalam tampilan hasil pengelompokan

Asal Perangkat Lunak Terkait