Abacas. kontiguasi otomatis algoritmik dari urutan shotgun dirakit
Unduh sekarang

Abacas. Peringkat & Ringkasan

Abacas. Tag

membayangkan meluruskan MELLIGASI PRIMER. Primer Alignemnt. memvisualisasikan primer. contiguate

Abacas. Keterangan

Algoritmik berbasis konpigrasi otomatis dari urutan senapan dirakit ABACAS dimaksudkan untuk menggerakkan dengan cepat (menyelaraskan, memesan, mengarahkan), merancang dan memvisualisasikan primer untuk menutup celah pada contigs rakitan shotgun berdasarkan urutan referensi.abacas menggunakan mummer untuk menemukan posisi penyelarasan dan mengidentifikasi sintensi dari referensi. Output kemudian diproses untuk menghasilkan pseudoColecule yang mengambil kontigs dan celah yang tumpang tindih ke akun. ABACAS menghasilkan file perbandingan yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan contigs yang dipesan dan berorientasi pada ACTEMIS. Synteny diwakili oleh bar merah di mana intensitas warna berkurang dengan nilai lebih rendah dari identitas antara blok yang sebanding. Informasi tentang contigs seperti orientasi, persen identitas, cakupan dan tumpang tindih dengan contigs lain juga dapat divisualisasikan dengan memuat file fitur yang dikeluarkan pada ACT. Persyaratan: · Mummer · ACT Artemis (opsional) Apa yang baru dalam rilis ini: · Ini adalah rilis abaca terbaru.

Abacas. Perangkat Lunak Terkait